P99 Military e със същите размери като P99 Standart, но се различава по оцветената в "военно зелено" рама, вместо стандартното черно.

Моделът P99QA е P99, доразвит по изискване на полицията с нов бързодействащ спусък със скъсен ход (около 8 мм) и бързо възстановяване, гарантиращи бърза и прецизна стрелба в критична ситуация или при състезания. Пистолетът е готов за стрелба веднага след презареждането на затвора и с четирите си независими предпазителя гарантира максимална сигурност на агента.

Точността, незабавната готовност за стрелба и сигурността на трите автоматични предпазителя са събрани в новия Walther P990. Той е с усъвършенстван дизайн и нова спускова система, проектирана за полицейски служители и добре обучени цивилни, която изравнява разликата в тежестта на спусъка при първия и при следващите изстрели. Трите автоматични предпазителя изключват възможността от случаен изстрел, ако не се дръпне спусъка и увеличават сигурността при носене на пистолета зареден.

Walther P99 Compact (или P99c) пригоден за скрито носене, в три различни конфигурации на спусъка, беше представен на 2004 SHOT Show: 1) AS (Anti Stress, което е новото име на традиционният DA/SA спусък); 2) QA (Quick Action, версия за бърза стрелба с 38 N усилие на спусъка и късo набиране (8 mm ход) и 3) DAO (Double Action Only) - за максимална сигурност и незабавна стрелба (14 мм ход на спусъка от първия изстрел до последния).

Новият модел P99 AS е снабден с традиционната DA система, комбинирана с Анти-стрес SA механизъм, предпазващ от неочаквана "рефлекторна" стрелба в критична ситуация и може да бъде зареден и носен със спуснато петле, което обаче противоречи на българското законодателство. В този режим P99 SA позволява стрелба в Double action за първия изстрел (с ход на спусъка 14 мм), последван от къс (8 мм) и лек (2000 г) втори изстрел в Single action последван от бързо възстановяване.

Националната Полиция на Полша в периода 2001-2003 г. тества и прие на въоръжение надеждният Walther P99 AS.